В противовес светской власти Никон выпустил в 1653 г. переработанное издание «Кормчей книги», а в следующем году убедил царя приказать провинциальным воеводам шире пользоваться каноническими законами в уголовных делах. Никон одного за другим приглашал в Москву иностранных патриархов для одобрения его реформ, а для их освящения приобретал за границей священные реликвии и иконы (начав с иконы Иверской Божьей Матери, которую доставили с горы Афон еще в 1648 г.). В Заиконоспасском монастыре он основал академию для перевода греческих и латинских текстов, а также приобщения священнослужителей, помимо богословия, и к полезным светским знаниям. Например, во время чумы 1653–1654 гг. лучший из вывезенных им из Киева переводчиков Епифаний Славинецкий должен был вместо предполагавшегося перевода Библии заняться переводом труда Везалия об анатомии человека, а агент Никона, приобретавший для него книги на православном Востоке, большую часть времени тратил на то, чтобы разыскивать ученых и рукописи, которые могли бы предложить дополнительные медицинские сведения.
К великому для него несчастью, Никон начал осуществлять свою программу в России, когда народ тяжко страдал от войны и чумы. Вскоре он стал предметом ожесточенной ненависти всех тех, кому был необходим козел отпущения и кто завидовал его близости к царю. Его положение было подорвано противостоянием влиятельных бояр, высокопоставленных чиновников и глав монастырей (нередко в одном и том же лице), а также его собственным смешением политических и религиозных проблем. Например, ведя свою кампанию против новых направлений в иконописи, Никон приказал стрельцам силой конфисковать иконы, выскребывать глаза изображений и носить их по московским улицам, демонстрируя, какая кара ждет тех, кто и впредь отважится писать такие иконы. Никон собственноручно разбивал при народе изуродованные иконы, называя при каждом таком символическом «погребении» имена их бывших высокопоставленных владельцев. Эти действия навели ужас на бюрократию и внушили растерянной и суеверной московской черни мысль, что Никон — сущий иконоборец и навлек на город чуму. Добиваясь принятия новых обрядов, Никон во время обычных церковных служб порицал упирающихся бояр и предавал анафеме священников. Он вызвал противодействие своей программе церковной дисциплины у гордых и консервативных монахов Соловецкого монастыря тем, что стремился распространить патриарший контроль даже на такие щекотливые дисциплинарные вопросы, как пристрастие к вину. Он усилил симпатии населения северных областей к Соловецкому монастырю, попытавшись основать поблизости соперничающий монастырь, которому дал греческое название ставропигиальный (от «ставрос» — крест).
Осмелев, соловецкие монахи начали организованное сопротивление Никону, отказавшись в 1657 г. принять его новые служебники. Несколько месяцев спустя трое епископов, назначенных в только что созданные провинциальные епархии, отказались, вопреки воле Никона, покинуть свои московские синекуры. А на следующее лето царский окольничий избил патриаршего стряпчего, не позволив ему распорядиться религиозной церемонией, сопровождавшей обед в честь православного грузинского царевича. Когда царь не наказал окольничего, а затем перестал бывать на патриарших службах, Никон отреагировал на это с присущим ему драматизмом.
После окончания богослужения в Успенском соборе он объявил, что удаляется в свой недавно построенный в некотором отдалении от Москвы монастырь, Новый Иерусалим, и останется там, пока царь не подтвердит своего доверия к нему и его программе. Однако вызова от царя Никону пришлось ждать восемь лет — и то лишь затем, чтобы предстать перед Церковным Собором, который приговорил его к лишению святительского сана и к ссылке в отдаленный северный монастырь. Этот собор 1667 г. одобрил большинство изменений, введенных им в церковные службы, но главная идея его программы — попытка создать теократическое государство, подчиненное мощной и дисциплинированной церковной иерархии, — была категорически отвергнута. О влиятельности и магнетизме Никона неопровержимо свидетельствует тот факт, что Тайному приказу и другим слугам нового светского государства потребовалось почти десятилетие, чтобы низложить его официально. Однако с тех пор Церковная иерархия никогда уже не играла в России подобной политической роли и даже не пыталась претендовать на нее. Отмену патриаршества и полное подчинение церкви государству несколько десятилетий спустя осуществил Петр Великий.
В то самое время, как Никон отправлялся в ссылку и забвение, другой священнослужитель был тайно увезен еще дальше на север, обреченный на судьбу еще более жуткую. На первый взгляд, протопоп Аввакум был очень схож с Никоном: фанатично верующий священник с северо-востока России, страстный противник западного влияния, исполненный глубочайшей решимости сохранить православную веру и обрядность как определяющие начала русской жизни. Более того, Аввакум дружил с Никоном в Москве в конце сороковых годов, когда оба были ревнителями старой веры. Они соглашались в том, что русскую Церковь следует всячески оберегать от тлетворного западного влияния и секуляризации. Оба равно поддерживали первую важную церковную реформу1650 г. — введение «единогласия» вместо беспорядочного многоголосого пения и чтения во время церковных служб.
Однако в дальнейшем нужду в реформах Аввакум начал рассматривать совсем в ином свете и уже считал Никона своим злейшим врагом. Аввакум превратил себя в рупор идей и мученика фундаментализма. Подобно теократизму Никона, фундаментализм Аввакума подвел итоги и собрал в единый фокус тенденции и позиции, складывавшиеся на протяжении ста с лишним лет.